W codziennej pracy z dokumentami duże znaczenie ma nie tylko sposób ich budowy, niemniej jednak również późniejsze przechowywanie, szukanie i udostępnianie. Wraz ze wzrostem liczby spraw rośnie ryzyko, że potrzebny plik zostanie zapisany w niewłaściwym miejscu, otrzyma niejednoznaczną nazwę albo trafi do kilku folderów równocześnie. Takie sytuacje utrudniają kontrolę nad dokumentacją i wydłużają wykonywanie łatwych zadań.
Program do zarządzania dokumentami daje możliwość uporządkować te procesy poprzez gromadzenie plików w jednym środowisku, przypisywanie im odpowiednich kategorii a także stosowanie ustalonych zasad nazewnictwa. Istotne jest a przy tym dopasowanie struktury do rzeczywistego sposobu pracy. Całkiem inaczej organizuje się dokumenty związane z obsługą klientów, a przeciwnie umowy, faktury, dokumentację kadrową czy materiały techniczne. Zbyt rozbudowany podział może utrudniać odnalezienie informacji, natomiast zbyt ogólny powoduje, że użytkownik musi przeglądać sporo niepowiązanych plików.
W praktyce kontrolowanie dokumentami i archiwizacja obejmują kilka etapów, które powinny zbudować spójny proces. Dokument jest najpierw odbierany albo tworzony, następnie rejestrowany, opisywany i kierowany do właściwego miejsca. Kolejne działania mogą dotyczyć weryfikacji treści, akceptacji, przekazania do innego działu lub przechowywania przez dany czas. Ważne jest uwarunkowanie, kto odpowiada za poszczególne czynności i które osoby mogą wprowadzać zmiany. Bez takich zasad wręcz dobrze uporządkowane repozytorium z nierzadko staje się trudne w obsłudze. Problemem bywają też różne wersje tego samego dokumentu. Jeżeli kilka osób pracuje na osobnych kopiach, może dojść do użycia nieaktualnych danych lub pominięcia wprowadzonych poprawek. Dlatego warto określić sposób oznaczania wersji, rejestrowania modyfikacji oraz zatwierdzania dokumentów. Takie reguły mają znaczenie w szczególności tam, gdzie tekst plików wpływa na rozliczenia, decyzje organizacyjne albo realizację zobowiązań.
Przenoszenie dokumentacji do postaci elektronicznej wymaga uwzględnienia nie tylko samego skanowania, lecz też jakości plików i sposobności ich późniejszego odczytu. Skan może być nieczytelny, zawierać niepełne strony lub nie zachowywać właściwej kolejności załączników. Z tego powodu potrzebna jest kontrola materiałów po digitalizacji, zwłaszcza w sytuacji dokumentów o znaczeniu formalnym. Pomocne bywa rozpoznawanie tekstu na obrazach, ponieważ umożliwia szukanie konkretnych słów bez ręcznego otwierania każdego pliku. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może też obsługiwać metadane, tj. data stworzenia, rodzaj dokumentu, numer sprawy czy termin przechowywania. Ich prawidłowość ma bezpośredni wpływ na wyniki wyszukiwania. O ile opisy są niepełne albo niespójne, część dokumentacji może pozostać niewidoczna podczas filtrowania. Powinno się także pamiętać, że cyfrowe archiwum nie eliminuje konieczności wykonywania kopii zapasowych, sprawdzania możliwości odtworzenia danych i kontrolowania dostępu do plików.
Przy organizowaniu elektronicznego obiegu dokumentów trzeba uwzględnić wymagania prawne, rodzaj przetwarzanych informacji oraz okresy przechowywania poszczególnych materiałów. Oczywiście nie każdy dokument można usunąć po zakończeniu obowiązującej sprawy, a samo przeniesienie pliku do archiwum nie oznacza samoczynnie, że spełniono wszystkie obowiązki związane z jego ochroną. Osobnego ustalenia wymagają uprawnienia użytkowników, zasady udostępniania danych a także sposób postępowania po upływie okresu przechowywania. W przypadku dokumentacji zawierającej dane osobowe istotne jest ograniczenie dostępu do ludzi, którzy potrzebują tych informacji do wykonywania swoich obowiązków. Znaczenie ma też przygotowanie procedury na wypadek awarii, przypadkowego usunięcia plików lub odejścia pracownika odpowiedzialnego za konkretny obszar. Wdrożenie nowych rozwiązań musi uwzględniać istniejące zasoby, ponieważ przeniesienie wieloletniej dokumentacji może ujawnić duplikaty, braki w opisach i niezgodności między wersją papierową a elektroniczną. Uporządkowanie tych kwestii wymaga określenia zasad postępowania z dokumentami, które będą stosowane także po zakończeniu początkowego etapu wdrożenia.
Dodatkowe informacje: rejestracja czasu pracy pracownika.