Dokumentacja w organizacji na prawdę często powstaje w różnych miejscach i na różnorakich etapach realizacji zadań. Część plików trafia do poczty elektronicznej, inne są zapisywane na dyskach lokalnych, a dokumenty papierowe pozostają w segregatorach albo teczkach przypisanych do konkretnych spraw. Z nierzadko taki podział utrudnia zobowiązanie, która wersja jest aktualna i gdzie znajduje się pełna dokumentacja.
Program do zarządzania dokumentami może służyć do uporządkowania tych zasobów a także określenia zasad ich obiegu. Ważnym elementem jest sposób przypisywania plików do spraw, kontrahentów, projektów albo okresów rozliczeniowych. Warto w dodatku unikać budowy zbyt wielu kategorii, ponieważ konsumenci mogą posiadać trudności z wyborem właściwej. Bardzo ważna jest także spójność nazewnictwa. O ile jedna osoba zapisuje datę na początku nazwy, a inna używa numer sprawy albo skrót działu, późniejsze wyszukiwanie staje się mniej przewidywalne. Postanowienie wspólnych reguł daje możliwość ograniczyć takie rozbieżności, niemniej jednak wymaga ich stosowania przez wszystkie osoby pracujące z dokumentacją.
W codziennej organizacji pracy administrowanie dokumentami i archiwizacja wiążą się również z kontrolą terminów a także odpowiedzialności za poszczególne materiały. Umowa może wymagać sprawdzenia przed upływem określonego terminu, faktura musi zostać powiązana z właściwym rozliczeniem, a dokument wewnętrzny może wymagać zatwierdzenia przez kilka osób. O ile te czynności odbywają się bez ustalonego obiegu, łatwo przeoczyć wiadomość albo pozostawić sprawę bez dalszego działania. Elektroniczny system może rejestrować kolejne etapy pracy, wskazywać osobę odpowiedzialną i przechowywać informacje o dokonanych zmianach. Samo uruchomienie takich funkcji nie rozwiązuje natomiast problemów organizacyjnych. Najpierw trzeba ustalić, które dokumenty wymagają akceptacji, kto może ją przeprowadzić i co powinno się zrobić w przypadku nieobecności osoby decyzyjnej. W przeciwnym razie cyfrowy obieg może odtwarzać te same opóźnienia, które wcześniej występowały przy dokumentach papierowych. Znaczenie ma również określenie, czy pracownicy mogą we własnym zakresie podmieniać przypisane kategorie, usuwać pliki lub przekazywać je oprócz organizację.
Osobnym zagadnieniem jest przenoszenie istniejącej dokumentacji do archiwum elektronicznego. Proces ten obejmuje nie tylko i wyłącznie skanowanie, ale także ocenę jakości plików, sprawdzanie kompletności stron i przypisywanie odpowiednich opisów. W starszych zbiorach mogą występować nieczytelne kopie, brakujące załączniki albo kilka sztuk tego samego dokumentu z różnymi adnotacjami. Nie zawsze można zaraz wyeliminować duplikaty, ponieważ poszczególne wersje mogą posiadać znaczenie dla historii sprawy. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może wspierać wyszukiwanie według dat, numerów, nazw lub innych danych opisujących zawartość pliku. W niektórych rozwiązaniach dostępne jest także rozpoznawanie tekstu ze skanów, natomiast skuteczność tej funkcji zależy w głównej mierze od jakości obrazu, kroju pisma i układu strony. Dokumenty z pieczątkami, odręcznymi dopiskami lub słabym kontrastem mogą wymagać ręcznej weryfikacji. Przy większych zbiorach warto zatem określić, które materiały będą sprawdzane szczegółowo i jak zostaną oznaczone pliki, których nie udało się poprawnie odczytać.
Na sposób przechowywania dokumentacji wpływają też oczekiwania dotyczące ochrony informacji, dostępności danych i czasu ich przechowywania. Nie wszystkie pliki powinny być widoczne dla każdego pracownika, dlatego uprawnienia trzeba zaimplementować do zakresu zadań oraz działu dokumentów. Inne zasady mogą dotyczyć ogólnych instrukcji, a inne dokumentacji kadrowej, danych klientów czy informacji inwestycyjnych. Trzeba także ustalić, co dzieje się z plikami po zakończeniu sprawy, zmianie stanowiska przez pracownika albo upływie okresu archiwizacji. W praktyce ważne jest rozróżnienie usunięcia dokumentu roboczego od zniszczenia materiału, który podlega określonym obowiązkom przechowywania. Należy uwzględnić odpowiednie przepisy i wewnętrzne procedury, zamiast opierać decyzję tylko na dacie utworzenia pliku. Osobnego planu wymagają kopie zapasowe a także odtwarzanie danych po awarii. Samo przechowywanie dokumentów w postaci elektronicznej nie oznacza, że można je odzyskać w każdej chwili. Dlatego zakres zabezpieczeń, częstotliwość tworzenia kopii i sposób sprawdzania ich poprawności powinny wynikać z rodzaju dokumentacji a także konsekwencji ewentualnej utraty dostępu do informacji.
Zobacz również: kontrola czasu pracy pracownika.